“深圳造”測序儀破譯基孔肯雅病毒

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“深圳造”測序儀破譯基孔肯雅病毒

助力多地疾控實現精準溯源

近日，深圳疾控-華大智造聯合實驗室基於華大智造T1+基因測序儀，對4例基孔肯雅病毒感染者進行測序溯源，其測序覆蓋度均高於99.9%。

其中，1例本土及1例輸入病例感染的病毒屬於基孔肯雅東中南非型，另外兩例境外輸入病例感染的病毒屬於基孔肯雅亞洲型（Asian分型），需結合人羣流行病學調查結果對上述基因組溯源結果進行進一步判斷。值得一提的是，其中1例低病毒載量樣本（Ct=37），採用T1+進行宏轉錄組測序也獲得全長序列。

除深圳疾控之外，T1+還助力完成基孔肯雅病毒溯源報告在各地疾控陸續輸出，高效捕獲病毒序列，支持疾控部門快速、精準、有效地制定防控策略。

據悉，基孔肯雅病毒屬披膜病毒科甲病毒屬，病毒顆粒呈球形，有包膜，直徑60—70nm，只有1個血清型。根據病毒基因組遺傳進化分析，可分爲3個基因型，分別爲西非型、東中南非型和亞洲型，其中東中南非型病毒突變形成的印度洋分枝（IOL）的病毒株，更易於經白紋伊蚊叮咬傳播。

基孔肯雅病毒型別多樣、突變位點多，傳統的溯源方法爲細胞培養後進行 Sanger測序，此法需要耗時數週，並且面對低病毒載量樣本時細胞培養法成功率較低。同時，基孔肯雅病毒培養需要生物安全三級實驗室環境，傳統方法不適用於基層疾控、一線海關口岸。相比傳統方法，宏基因組測序技術“免培養、廣譜篩查、全基因組解析”的特性，使其成爲應對新發突發傳染病溯源工作的關鍵技術。（記者 聞坤）